Своё историческое начало музей войсковой части 49371 ведёт от созданного в 1948 году музея истории Ейского Военно-Морского ордена Ленина Авиационного Училища Лётчиков имени Сталина. С момента создания и до 2011 года он являлся штатным музейным образованием Ейского ВВАУЛ.
В 2011 году, при расформировании учебного заведения, музейное собрание было передано 859 Центру боевого применения и переучивания лётного состава Морской авиации Военно-Морского флота. Решение о приёме – передаче принималось исходя из значимости музея как средства воспитания молодёжи в духе патриотизма и сохранения исторической преемственности поколений, а также с учётом того, что хранящиеся в нём материалы и сама история Ейского училища были теснейшим образом связаны с созданием, развитием и победами отечественной морской авиации.
В феврале 2012 года, приказом командира части на базе принятых площадей и фондов создано нештатное музейное образование – историко-мемориальный зал. С 1 декабря 2014 года в штат войсковой части включён музей и штатная должность заведующего музеем.
Сегодня, экспозиция музея охватывает историю подготовки кадров для морской авиации с момента образования офицерской школы морской авиации в 1915 году и до настоящего времени, рассказывает о героических подвигах морских авиаторов, авиаторов ВВС. Она размещена в семи залах общей площадью 300 м2 и состоит из четырех разделов и двух развёрнутых на постоянной основе экспозиций. За всё время существования музея его ежегодно посещает от 9 до 20 тысяч граждан России, в основном жителей Кубани.
На постоянном хранении в основном фонде музея находятся уникальные экспонаты. Среди них личные вещи и документы: первого Героя Советского союза А.В.Ляпидевского, маршала авиации Борзова И.И., дважды Героев СССР Н.В.Челнокова, В.М.Комарова, В.А.Джанибекова и многих других заслуженных людей. Общая численность зарегистрированных музейных предметов основного фонда - 1463 единицы хранения. В рамках основного фонда выделены в отдельные фонды: знамённый фонд, фонд вооружения и военной техники, документальный, книжный, кинофотонегативный, вещевой фонды и фонд знаков отличия.
Научно-вспомагательный фонд содержит более 4500 фотонегативов и 111 фотоальбомов отражающих различные периоды истории подготовки кадров для авиации флота.
Работа музея войсковой части организуется и проводится на основании приказа Министра обороны Российской Федерации «Об утверждении Положения о музеях, образованиях музейного типа и комнатах воинской славы Вооруженных Сил Российской Федерации» от 11 сентября 1997 г. № 343. По статусу музей является штатным образованием музейного типа и имеет военно-исторический профиль.
